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重建二倍体个体单体型的改进环基算法
- 邬慧敏,吴璟莉
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2016, 46(4):
9-14.
doi:10.6040/j.issn.1672-3961.1.2016.229
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多维度评价
HapCompass算法是求解最少带权边删除模型(the minimum weighted edge removal, MWER)的有效启发式方法,该算法采用删除权值绝对值最小的边的方式消除冲突环基,当同时存在多条权值绝对值最小的边时,HapCompass随机选择删除边,导致求解方案的不确定性,降低重建效果。针对该问题,提出IHapCompass算法,改进去边规则,利用(00)/(11)和(01)/(10)分型的片段支持差异数与总片段数之间的比值来确定删除边,对随机取值问题做出有效限定。此外,IHapCompass以单体型中0/1取值的概率为图中孤立点赋值,明确孤立点取值。采用真实单体型数据进行测试,结果表明,IHapCompass算法在各种参数设置下,均能获得较算法HapCompass、DGS和Fast Hare更高的单体型重建率,具有较高的执行效率。该算法为求解二倍体个体单体型重建问题提供一定的参考。